Bija pirmais latviešu botāniķis, daiļdārznieks, novadpētnieks, skolotājs un dzejnieks.
Dzimis saimnieka ģimenē. Mācijies Vestienas un Ērgļu (1864-68) draudzes skolā. Pēc tautskolotāja eksāmenu nokārtošanas (1871) strādājis par skolotāju Vestienas draudzes skolā, Liezērē (1876-77), 1875-76 un 1878-82 Rīgas Ozolaines bērnu patversmē. Visilgāk strādājis Pļaviņās - gan par mājskolotāju, gan par rakstvedi. 
Pats nozīmīgākais J. Ilstera kā dabaszinātnieka nopelns ir pirmās dabas zinību grāmatas latviešu valodā sarakstīšana. Tā saucās "Botānika tautas skolām un pašmācībai " (1883.). Savācis 18 sējumu herbāriju, kas tagad glabājas Latvijas Universitātē.  Līdztekus dabaszinātnēm viņš rakstīja par praktiskās zemkopības, pedagoģijas, etnogrāfijas un daudziem citiem jautājumiem, rakstīja arī dzejoļus.