Pirmais latviešu botāniķis, pirmās botānikas mācību grāmatas latviešu valodā autors, skolotājs, botānikas un zooloģijas latviskas terminoloģijas aizsācējs, unikāla herbārija izveidotājs un publicists.
Dzimis saimnieka ģimenē. Mācijies Vestienas un Ērgļu (1864-68) draudzes skolā. Pēc tautskolotāja eksāmenu nokārtošanas (1871) strādājis par skolotāju Vestienas draudzes skolā, Liezērē (1876-77), 1875-76 un 1878-82 Rīgas Ozolaines bērnu patversmē. Visilgāk strādājis Pļaviņās - gan par mājskolotāju, gan par rakstvedi. 
Pats nozīmīgākais J. Ilstera kā dabaszinātnieka nopelns ir pirmās dabas zinību grāmatas latviešu valodā sarakstīšana. Tā saucās "Botānika tautas skolām un pašmācībai " (1883.). Savācis 18 sējumu herbāriju, kas tagad glabājas Latvijas Universitātē. Līdztekus dabaszinātnēm viņš rakstīja par praktiskās zemkopības, pedagoģijas, etnogrāfijas un daudziem citiem jautājumiem, rakstīja arī dzejoļus.
Vestienā "Gretēs" ir nodibināta biedrība "Mūžizglītība "Gretēs"", ko vada Biruta Nebare. 1973. gada 27. maijā uzstādīta piemiņas zīme Jānim Ilsteram.