Dzimis Praulienas pagasta "Ilzessalu" saimniecībā, zemnieku ģimenē. Viņa vectēvs bija pirmais latvietis, kurš pieņēma pareizticību tajā apvidū. Ģimene bijusi ļoti dievbijīga. Pommers pirmo izglītību ieguvis Lazdonas pareizticīgo Liseskalna skolā. 1887. gadā iestājās Rīgas garīgajā skolā. 1897. gadā ar izcilību ​ pabeidza Rīgas Pareizticīgo garīgajā semināru.  1921. gadā iecelts par Latvijas pareizticīgo baznīcas arhibīskapu. No 1926. līdz 1931. gadam Pommers bija Latvijas Saeimas deputāts.
1934. gadā, naktī uz 12. oktobri tika nogalināts Rīgas un Latvijas arhibīskaps Jānis Pommers.
2001. gadā pareizticīgo baznīca viņu kanonizēja kā svēto. Viņš ir pirmais un vienīgais latvietis starp svētajiem.
25. septembrī pareizticīgie svin bijušā Latvijas arhibīskapa Jāņa Pommera piemiņas dienu.